毛果芸香碱滴眼有可能会引起暂时性的近视或是头痛以及眼痛等多种的不良反应。
毛果芸香碱滴眼多数可以用于治疗青光眼，对于改善眼压升高引起的眼眶疼痛不适症状，还有利于缓解眼睛部位出现的疼痛等不良反应，从药物期间个别患者有可能会出现暂时性的近视，还可能会使眼睛出现看东西不清和模糊以及眼睛疼痛，部分患者还容易出现头痛或是虹膜后粘连以及强直性，瞳孔缩小等多重的污染反应，个人的体质不同，用药后的不良反应应可能会有所偏差，属于是正常症状，较严重时需要停止用药，还需要及时到医院检查就诊，以免不良反应的症状加重，不利于好转和恢复。
药物使用期间通常需要做好眼部的保养护理工作，避免长时间眼部过度疲劳和近距离观看电子产品，很可能会导致治疗的效果受到影响，还可能会导致眼压升高的程度持续性的加重，使用其他药品时需要提前咨询医生，以免产生相互反应，防止出现其他的副作用，药物的性状发生改变时需要禁止使用，要放在干燥阴凉的地方保存。
