顽固的真菌是非常难以消除的。例如脚气等。但是就算真菌不好去除，我们也不能放任它们伤害我们的皮肤和细胞组织。对于不同的真菌来说，药物治疗是可以起到一定的效果的。例如酮康唑等咪唑类药物、多烯类抗生素、两性霉素等，如果使用一段时间不见效果，那么就要更换药物。
抗真菌药（antifungaldrugs）：真菌感染可分为表浅真菌感染和深部真菌感染两类，表浅感染是由癣菌侵犯皮肤、毛发、指（趾）甲等体表部位造成的，发病率高，危害性较小。深部真菌感染是由念珠菌和隐球菌侵犯内脏器官及深部组织造成的，发病率低，危害性大。在所有的抗深部真菌感染药物中，只有氟康唑和氟胞嘧啶能透过血脑屏障，治疗中枢真菌感染。
常用抗真菌药按照作用部位分为治疗浅表真菌感染药物有十一烯酸、醋酸、乳酸、水杨酸、灰黄霉素、克念菌素、克霉唑、咪康唑、益康唑、联苯苄唑、酮康唑等。抗深部真菌感染药物有氟胞嘧啶、两性霉素B、制霉菌素、球红霉素、甲帕霉素、氟康唑、伊曲康唑等。按结构分为有机酸类、多烯类、氮唑类、烯丙胺类（如特比萘芬）等。
目前应用于临床的抗真菌药物，就其作用机制分类，大致可以分为3种：（1）作用于真菌细胞膜中甾醇合成的抗真菌药物，包括：酮康唑等咪唑类药物、多烯类抗生素、两性霉素等，以及烯丙胺类药物特比萘芬等；（2）作用于真菌细胞壁合成的抗真菌药物，如：棘白菌素类药物卡泊芬净，其抑制真菌细胞壁主要成分1,3-β-D-葡聚糖的合成，以及抑制几丁质合成的日光霉素和多氧霉素等；（3）作用于核酸合成的抗真菌药物，如：5-氟胞嘧啶等。
