肛瘘手术是将瘘管所有割开，并将创口两边边沿的疤痕组织充足摘除，使引流方法顺畅，创口慢慢痊愈。实际的操作步骤，恰当探察内口寻走。内口的实际操作与挂线疗法同样，探得内口后，将探头拉出肛门口外，如瘘管弯折或有发枝，探头不可以伸进内口，则由外口引入1%美兰黑色素水溶液少量，以明确内口位置。
肛瘘摘除手术治疗主要是将瘘管切除，动手术时先用式探头进到瘘管区的方位。
再由外口以有巢探头探察，浆管路逐渐割开，直到探到内口才行。如细心探察能否寻找内口，可将现有变病的肛窦做为内口解决，割开瘘管，并充足摘除边沿组织，割开瘘管的所有浅表组织，从外口到内口及相对的肛管扩约化学纤维。瘘管割开后因查验有没有之管，如发觉也因割开，路管所有割开后，将要糜乱小肉粒组织，稍刮干净，一般不需要将全部瘘管摘除，以防创口很大。
最终剪修创口边沿是创口成底口子大的V字型，有利于创口浅层优先痊愈，并且假如探头在肛管十二指肠上边进到十二指肠，则不能做瘘管切开术，应做挂线手术治疗治疗法。
